Como consecuencia, el 28 de abril de 1940, el día en que cumplía cinco años de su título de liga, segunda equipacion osasuna 24 25 el equipo verdiblanco bajó a Segunda División truncando trágicamente su gran etapa. El descenso se materializó el 13 de marzo de 1947 en el mismo escenario en el que había logrado el título de liga en 1935, en Santander, con una derrota por 4-1 ante el Racing. Una vez más, tónica constante de la existencia verdiblanca, a un año de euforia le sucede otro de desasosiego, en la temporada 2005-06, el equipo rozó el descenso y se vivió una división absoluta entre presidente y entrenador y una crisis institucional desconocida desde finales de los 80. En la campaña 2006-07 el Real Betis hizo una pobre temporada, salvándose del descenso en la última jornada tras ganar por 0-2 al Racing de Santander en El Sardinero, con dos goles de Edu. La experiencia en tercera fortaleció al club y le añadió la singularidad de ser el único equipo que ostenta los títulos de campeón de Primera, Segunda y Tercera División. Tras estos años favorables, en los dos siguientes, el club sufrió los fallecimientos del entrenador del primer equipo, Andrés Aranda (1965) y un año después de Benito Villamarín, tras 10 años en la presidencia que engrandecieron el club y también vivió el descenso a Segunda División.

Ya en Segunda División de España, Aranburu pasó a ser el capitán del equipo tras la marcha de Aitor López Rekarte. En la siguiente temporada, el conjunto rojillo accedió a la Copa de la UEFA como subcampeón de la Copa del Rey, ya que el Real Betis se clasificó para la Liga de Campeones de la UEFA. En la temporada 1996-97 repitió entre los cuatro primeros y llegó a la final de la Copa del Rey, en la que cayó ante el FC Barcelona en la prórroga. Fue una temporada irregular, y solo al final se pudo salvar la categoría con tres victorias consecutivas que dejaron al equipo en la 15.ª posición. Culminando la cuesta abajo que sufría la entidad, llegó lo más temido y que poco se auguraba al ser uno de los clubes históricos: precisamente en el escenario que había visto al Real Betis coronarse como campeón absoluto español, Santander, vio como el 13 de abril de 1947 los verdiblancos perdían por 4-1 ante el conjunto santanderino y descendió a la Tercera División, entonces la tercera categoría en el sistema de ligas del país.

La situación fue a peor y en 1947 bajó a tercera en medio de una grave crisis económica (tercera categoría en el sistema de ligas en aquel entonces). Recogió al equipo en la segunda división tras haber permanecido siete años en tercera. El Betis jugó durante siete años en tercera división. Finalmente acaba la temporada como tercer clasificado, lo que le dio derecho a disputar el play-off o fase de ascenso a 2.ª División B. Su primer rival fue el murciano Águilas FC: en el partido de ida celebrado en Las Pistas el resultado es de 1-0, y en la vuelta se consigue un empate (1-1) que le clasifica para la siguiente ronda de la fase de ascenso a Segunda B, osasuna equipacion contra el Olímpic de Xàtiva. En la primera eliminatoria derrotó al C. D. Badajoz (0-1 en la ida y 3-3 en un apasionante partido de vuelta), pero no logró superar las semifinales y cayó contra el Hércules de Alicante C. F. (3-1 en la ida y 0-0 en la vuelta).

Tras el 0-0 de la ida en un partido abrupto y de viento racheado, los blanquiazules conseguían ante más de 6000 espectadores y en el Nuevo Mirador de la ciudad andaluza, un empate (1-1) que terminaba por devolver a los ribereños a la categoría de bronce del fútbol español. El capital social establecido para el Betis por el plan de saneamiento del fútbol español fue de 1.175 millones de pesetas (7,06 millones de euros). El entonces vicepresidente económico, Manuel Ruiz de Lopera se hizo en el último momento con el resto del capital y se convirtió en el socio mayoritario del club. Los aficionados aportaron en pequeñas cantidades un total de 400 millones de pesetas a los que se sumaron otros 100 aportados en paquetes superiores al 1 % del capital social exigido. También se consiguió la cesión del portero Andrés Fernández Moreno y el club consiguió traer a Thievy, Nico López, David Lombán, Rene Krhin y Rubén Pérez. Pero, sin duda, 2005 fue uno de los años más brillantes del Betis, el club finalizó en una muy notable cuarta posición, clasificándose para jugar la previa de Liga de Campeones, y ganó la Copa del Rey de fútbol 2004-05 en el Vicente Calderón.