Liga de Campeones. A ello se le suma no haber dado una oportunidad y haber dejado escapar a una joven promesa de la cantera como era Isco, camiseta del chelsea azul y un carácter de escasa autocrítica por parte del entrenador. El caso de Isco indignó especialmente a la afición valencianista por tratarse de un futbolista de gran proyección, formado en la cantera del Valencia, y por no haber sido valorado ni por la directiva, ni por la dirección deportiva, ni por el entrenador, a pesar de los informes favorables de distintos entrenadores de la escuela sobre el jugador. Toda una sorpresa al no disponer el argentino de ninguna experiencia como entrenador, más allá de haber sido ayudante de Rafa Benítez en el Liverpool y el Inter de Milán, camiseta retro chelsea y de haber trabajado unos meses con alevines en la escuela deportiva de Paterna. Este hecho provocó un fuerte conflicto dentro del consejo de administración del club, puesto que algunos consejeros pensaban que el argentino estaba contratado por una temporada más otra opcional por objetivos, pero realmente estaba contratado para dos temporadas, por tanto el finiquito que había que pagarle era mucho mayor. Una vez superadas varias de estas lesiones el equipo no mejoró en su juego y se mantuvo en los puestos medios y bajos de la clasificación.

La temporada 2012/13 se inició con dudas tanto en el juego como en los resultados, a pesar de haber plantado cara y puesto en serios aprietos a Real Madrid y Barcelona en las primeras jornadas. El club ofreció a Valverde la renovación de contrato por una temporada más con opción a una segunda por la mejora del juego y resultados del equipo, pero el entrenador prefirió esperar a finalizar la temporada para tomar una decisión. En otras zonas del mundo también se practicaban juegos en los que una pelota era impulsada con los pies. A causa de eso, fue el octavo futbolista mejor pagado del mundo. Carlos Marchena al Villarreal tras nueve años del futbolista en el club. La venta es discutida entre afición y medios de comunicación puesto que el caché del futbolista se multiplicó durante la celebración de la Eurocopa y se podía haber ingresado mucho más dinero por su traspaso, o bien haber llegado a un acuerdo para la renovación de su contrato. Bankia decidió no refinanciar las deudas de la Fundación y del club al no aprobar el plan de refinanciación presentado por Amadeo Salvo y Aurelio Martínez, y además el aval de la Generalidad Valenciana había sido anulado cautelarmente por un juzgado, lo cual hizo que Bankia solicitara la búsqueda de inversores, haciendo pública la noticia mediante un comunicado mientras se producía la Junta General de Accionistas del Valencia el 10 de diciembre de 2013, algo que no sentó nada bien en el club.

Junta General Extraordinaria de Accionistas, que tendría lugar una vez finalizada la temporada 2012/13, el martes 4 de junio de 2013. En esa junta se elegiría el nuevo consejo de administración y el nuevo presidente. Antes de la penúltima jornada, el viernes 24 de mayo de 2013, fallecía una leyenda del club y de la selección española, Antonio Puchades, a los 87 años de edad en su ciudad natal de Sueca. No se pudo hacer frente a dicho pago al no haber vendido la Fundación las acciones en su poder, y al no disponer de otros medios de financiación en los casi 4 años de tiempo que tuvieron para encontrarlos. Tras 4 temporadas al frente de la entidad, ni el consejo de administración de Manuel Llorente ni la Fundación VCF encontraron solución para ninguna de las dos deudas: ni la del club ni la de la Fundación, a pesar de haber contado ambos con los servicios del prestigioso y costoso despacho jurídico Garrigues.

Aun así el club renovó a Unai Emery por una temporada más, la que sería su cuarta temporada al frente del equipo, convirtiéndose así en uno de los entrenadores con más temporadas en la historia del club. Optimizadas las búsquedas en el modo Temporadas y en otros modos online. A modo de ejemplo, en Porto, fue utilizado inicialmente como un centrocampista defensivo, pero algunos factores tácticos lo vio avanzar como un centrocampista ofensivo. Este verano de 2010 el presidente destituye a Fernando Gómez como vicepresidente deportivo aludiendo motivos exclusivamente económicos, motivos que el propio Fernando desmintió. La Fundación debió haber pagado antes del 27 de noviembre de 2012 el primer pago de los intereses del crédito concedido en 2009 por Bancaja (hoy Bankia) para comprar las acciones no vendidas durante la primera fase de la ampliación de capital, y convertirse así gracias al dinero de este préstamo en el máximo accionista del club.