Tal vez, sin alcanzar el nivel de fútbol conseguido en el Apertura, camiseta futbol baratas Danubio igualmente continuó a paso firme liderando casi siempre el torneo Clausura. Juan José Peláez tomó la dirección técnica con jugadores como Freddy Grisales, Aquivaldo Mosquera y Milton Patiño, entre otros, con los cuales llegó a la final del Torneo Apertura contra su rival de patio, Independiente Medellín, en la primera final paisa de la historia del fútbol colombiano. En este año Nacional se reforzaba en su nómina con varios jugadores como Vladimir Marín y el exgoleador del Once Caldas, Sergio Galván, entre otros. Pese a ello, en la Copa Sudamericana 2003, Nacional eliminó a Deportivo Pasto y Liga de Quito. En los cuadrangulares semifinales le correspondió en el grupo «B», junto con Junior, Cortuluá y Deportivo Pasto. Atlético Nacional comenzó el siglo XXI participando en la Copa Libertadores 2000 donde el club colombiano finalizó último del Grupo 4 detrás de River Plate, Atlas de Guadalajara y Universidad de Chile. El club también posee, sin oficialidad, un himno llamado «¡Aupa Sevilla!», compuesto en 1971 por Pedro Gámez Laserna y con letra de Manuel López Jiménez, siendo así el himno sevillista más antiguo que se ha creado. Existe también un videojuego sin publicar que sería lanzado para Xbox 360 y PlayStation 3, llamado Pocoyó Eye Circuits, el cual sería un juego de realidad aumentada en el que podrías crear tus propias pistas con los elementos del Mundo de Pocoyó, estaba previsto a ser lanzado a finales del 2011, inicios del 2012, pero fue cancelado por razones desconocidas.

Los australes pasaron a cuartos de final, donde a la postre resultaron ser los subcampeones de aquel certamen. En el partido de vuelta jugado en El Campín, terminó con empate a un gol y nuevamente venció a los azules en los cuartos de final del certamen continental. En el partido de vuelta, el resultado fue de 1-1 y el conjunto Carioca se consagró campeón del certamen. Si ganaba era subcampeón, y campeón si el Junior no vencía al América. En el cuadrangular final le correspondió con Millonarios F. C., América de Cali y el Independiente Medellín. Una vez más, el verde llegó a los cuadrangulares semifinales, pero se quedó en el camino hacia el título, después de que perdiera dos partidos claves frente al Deportes Tolima, 1-0 en Ibagué y 1-2 en Medellín. Todos los partidos se jugaron en el estadio del equipo organizador: Estadio Brigadier General Estanislao López. Tras quedar libre en la fecha 2, Los Andes volvería a ganar por 1 a 0 al Deportivo Morón en el Nuevo Francisco Urbano, en la fecha 3 Los Andes gana de local contra el Deportivo Armenio por 4 a 0. El equipo sufre una recaída después de conseguir dos empates consecutivos, 1 a 1 tanto de visitante contra Barracas Central en la fecha 4 y Comunicaciones de local en la fecha 5. No es hasta la fecha 6 donde Los Andes volvería al triunfo al vencer a Platense por 2 a 0 en Vicente López.

De cada grupo se clasificaron dos equipos para cuartos de final, excepto donde hubo un equipo de la ciudad anfitriona, que paso automáticamente a cuartos junto al mejor clasificado de su grupo. Se conoce como cantera, fuerzas básicas o divisiones juveniles, a todos los equipos del fútbol base y filiales semiprofesionales o de divisiones inferiores de los equipos profesionales. En la semifinal del torneo, fue eliminado por la sorpresa del torneo, el Cienciano del Cusco, club que a la postre se alzó con el título de la Copa Sudamericana. El título del documental hace referencia a una expresión constantemente repetida por Cruyff en ruedas de prensa. El 22 del mismo mes, ganó como local 3-1 frente a Alianza Lima. Disputó la final de Copa Libertadores frente al Gremio de Porto Alegre de Brasil, en donde cayó 3-1 en el partido de ida jugado en Brasil. Jugó los octavos de final ganándole a C. A. Peñarol uruguayo por el mismo marcador de 3-1 en ambos partidos jugados en Medellín y en Montevideo. La Copa Libertadores de 1993 resultó la más floja de las seis que jugó en siete años (de 1989 a 1995), pues Nacional fue eliminado en octavos de final frente a la Universidad Católica de Chile, camiseta futbol perdiendo 2-0 en Chile y ganando 2-1 en Medellín.

Nacional clasificó al cuadrangular final del Torneo Apertura, donde se enfrentó al Deportivo Cali, al Boyacá Chicó y a Independiente Santa Fe, obteniendo el primer lugar y del derecho a disputar la final frente al Atlético Huila. En 2005, el primer año en que se realizaba la Copa Ciudad de Santa Fe, Atlético Nacional se coronó como campeón. A pesar de haber llegado hasta octavos de final de la Copa Sudamericana y de haberle empatado 3-3 al América de México en los Estados Unidos, en el partido de vuelta Nacional cayó goleado por 1-4 en Medellín y a partir de ahí no volvió a ganar ningún partido en el torneo colombiano y sufrió la llamada «Fiebre amarilla», ya que perdió con todos los equipos cuyo color representativo era el amarillo (como el América de México, Atlético Bucaramanga, Atlético Huila, etc). La semifinal tuvo a Nacional enfrentándose contra el River Plate de Argentina, al cual venció 1-0 en Medellín con un gol de René Higuita de tiro libre.