Sin embargo, no pasó de la primera fase en su debut en el máximo evento regional que tuvo lugar en enero de 1996. En este tiempo, el equipo era dirigido por el argentino José Omar Pastoriza, quien, pese al buen juego demostrado por sus jugadores en la Copa UNCAF, camiseta fútbol debió renunciar al cargo por diferencias con las autoridades del fútbol salvadoreño. Para 1975 los cuscatlecos se presentaron por primera ocasión a los Juegos Panamericanos, que tuvieron lugar en la Ciudad de México. Como en la primera ronda de clasificación, fueron varios los juegos de preparación de los salvadoreños, que incluyeron a Newell’s Old Boys, Sporting Cristal y Cerro Porteño, entre otros. El primer encuentro ante Costa Rica fue una derrota de 2-4 como local, y en el resto de juegos apenas acumularon dos puntos producto de dos empates como local ante Trinidad y Tobago, y de visita ante los Estados Unidos. Costa Rica, Estados Unidos y Trinidad y Tobago. El primer obstáculo era una difícil eliminatoria a visita recíproca contra Honduras, Costa Rica, Guatemala y Panamá.

La fase final de la clasificatoria consistió en una cuadrangular en la que El Salvador se encontraba junto a México, Canadá y Honduras, quienes disputaron un cupo para la copa del mundo. Pese a todo, el ambiente festivo era animado por la canción del «Pájaro picón picón», interpretada por el comediante Mauricio Bojórquez, que había sido adaptada de la melodía original del colombiano Eliseo Herrera. Pasaron por aquella selección jugadores como el portero Raúl García; los defensores Wilfredo Iraheta Sanabria, Leonel Cárcamo Batres y Mario Mayén Meza; los mediocampistas Alexander Amaya del Cid, Waldir Guerra, Jorge «Zarco» Rodríguez y Mauricio Cienfuegos; y los delanteros William Renderos Iraheta, Elías Montes, Raúl Díaz Arce y Ronald Cerritos, camiseta del liverpool 2024 entre otros. En este periodo vistieron la camiseta azul los jugadores Juan José Gómez, Marvin González, Manuel Salazar, Ramón Sánchez, Osael Romero, Eliseo Quintanilla, Alfredo Pacheco, Christian Castillo y Rodolfo Zelaya, entre otros. Ante la humillación, se dice que los jugadores se desentendieron de los técnicos, por lo que asumieron el control del sistema táctico en los próximos juegos. La situación no fue mejor para la clasificación a la copa del mundo de Alemania 2006. Se inició la primera fase bajo el mando del salvadoreño Juan Ramón Paredes, quien había logrado la medalla de oro en los XIX Juegos Centroamericanos y del Caribe de 2002 con la selección sub-21.

Con el argentino Juan Quartarone en la dirección técnica, los cuscatlecos solventaron la primera fase ante Puerto Rico (5-0 como local y 3-0 de visita), y en la segunda ronda disputaron una plaza para la fase final ante Honduras y Surinam. El primer enfrentamiento contra Panamá fue una victoria de local de 2-1, pero siguieron dos derrotas consecutivas contra los Estados Unidos de visita (2-0) y Jamaica de local (0-3), que provocaron el retiro de Paredes del cargo. Si bien estuvo en la pelea por el ascenso durante la mayor parte de la temporada, una derrota por 0-3 contra el Córdoba a falta de cinco jornadas hizo que se saliera y cayera a la séptima posición. En la temporada 2018-19 dirigido por Pep Guardiola el club se convirtió en el primer equipo en conquistar todos los principales trofeos ingleses disponibles en una sola temporada, ganando no solo la Premier League, FA Cup y Copa de la Liga, sino también el Community Shield, siendo el primer y único equipo inglés en ganar un «Cuadruplete», al ganar todos los títulos oficiales ingleses y el primero en ganar un «Triplete», convirtiéndose en el primer club inglés en lograr tal hazaña.

En la temporada 2021-22 anunció el fichaje de Jack Grealish, por un total de 118 millones de euros, convirtiéndose el jugador más caro de la Premier League el día 5 de agosto. En agosto de 2015 se mudó a Suiza firmando un contrato de una temporada con el Chiasso. En agosto de 2006, asumió la dirección técnica de la Selecta, el mexicano Carlos de los Cobos. Una de las épocas de más éxitos del conjunto morado comienza en marzo de 2003 cuando el empresario mexicano Jorge Vergara, compró el club. Ya en la hexagonal final, el inicio fue con un revés ante Canadá con marcador de 0-1. El siguiente desafío era el conjunto mexicano del estelar Hugo Sánchez. La eliminatoria dejó momentos gratos y otros frustrantes: iniciando con un empate de visita ante Canadá y una victoria ante Costa Rica de local (2-1); posteriormente llegaron dos derrotas ante Jamaica de visita (1-0) y otra contra México en el estadio Cuscatlán por la mínima diferencia, que se hizo memorable por una supuesta falta dentro del área penal ignorada por el árbitro. Ante la selección caribeña se obtuvieron dos triunfos, pero ante los hondureños perdieron de local 1-2, y el posterior empate sin goles de visita les dejó fuera del evento.