Además, Manuel Llorente decide irse del club, camisetas de futbol baratas 2024 camino a la presidencia del Valencia Club de Fútbol. En febrero, Juan Roig dejaba el cargo de presidente del club, como última decisión se destituía de su cargo de director general a Víctor Sendra y se nombraba presidente ejecutivo a Manuel Llorente. Paco Olmos, del Menorca Bàsquet, se hizo cargo del equipo como entrenador para la temporada 2011-2012. Olmos afrontaría así su segunda etapa no consecutiva como técnico del primer equipo, sin contar los equipos que entrenó en categorías inferiores del Valencia Basket. Ante esta incertidumbre, Vicente Sola se hace cargo de la presidencia del club. El equipo valenciano debutó en la temporada 1998-1999 en la Copa Saporta y llegó a la final ante el Benetton Treviso italiano, perdiendo por 64-60. Esta misma temporada se fichó a uno de los jugadores más queridos por la afición: Bernard Hopkins. La temporada 2008-09 se inicia con la contratación de jugadores como Kosta Perović. En la temporada 1997-98 el club dio un paso más en su crecimiento al ganar el primer título de su historia, la Copa del Rey ante el Joventut de Badalona el 2 de febrero de 1998. En esta competición, en la que debutaba, no estaba entre los favoritos para alzarse con el título.

El regreso a la máxima división del baloncesto español se produjo en la temporada 1995-96, en la que quedó subcampeón tras perder en la final 104-87 ante Spar Granada en una Fase Final disputada en Lugo. En la temporada 1999-2000, el Pamesa Valencia quedó subcampeón de la Copa del Rey, perdiendo la final ante el Adecco Estudiantes por 63-73 y finalizó 6.º en la temporada regular de la Liga ACB. La primera vuelta de la liga fue buena, quedando cabeza de serie para la Copa del Rey de baloncesto, competición de la que quedó subcampeón. Sobre todo se tiene que señalar la magnífica participación en la Euroliga, donde llegó al play-off de cuartos de final contra el Real Madrid Baloncesto, nunca había conseguido tal logro. La temporada finalizó con el equipo quedando fuera del play-off después de 7 temporadas seguidas clasificándose para ellos y sin jugar en Europa. Como nota curiosa destaca un hecho ocurrido en la temporada 69-70 en la que el árbitro Emilio Guruceta fue detenido al acabar el encuentro contra el Athletic Club, por orden del alcalde de Elche «por alteración del orden público». Y aunque Deportivo y Athletic juegan un extraordinario encuentro, el 3-3 final no les sirve a ninguno.

En la final derrotó al Joventut de Badalona de Alfred Julbe (que se ganó la enemistad de la afición valenciana por unas declaraciones previas a dicha final en las que cuestionaba el estilo de juego empleado por los valencianos) por 89-75. El MVP fue para Nacho Rodilla. Ronaldo llegó al Mundial dos veces nombrado Jugador Mundial de la FIFA, pero su rodilla fue noticia durante todo el torneo. Durante el verano ante el cambio de planes de contar con menos dinero, Neven Spahija toma el mando de las decisiones deportivas junto con el secretario técnico, Toni Muedra. Debido a la nueva realidad económica del club, Neven Spahija no renueva y se ficha a Manolo Hussein para dirigir al equipo, aunque es destituido el 11 de noviembre después de encadenar 8 derrotas en 10 partidos. Neven Spahija realizó un par de movimientos en la plantilla para adecuarla a su estilo de juego, como fue cortar a Dikoudis y Ruben Douglas, y traerse a Matt Nielsen y Kenny Gregory. En esta temporada que en principio se preveía tan difícil, se convierta una magnífica temporada con la consecución del segundo título europeo, la Eurocup y cuyo MVP fue Matt Nielsen. El Hércules abandonó el Estadio Bardín y se instalaron en el estadio La Viña, conocido también como el campo de La Florida ya que estaba situado en dicho barrio.

La sección se creó el 1927, incorporando grandes estrellas en aquel momento como Mariano Cañardo o Miguel Mucio. Se nombró director deportivo a Víctor Sendra para afrontar la campaña 2004-2005. Al comienzo de la pretemporada se cesó a Paco Olmos de su puesto y se fichó a Pablo Laso como entrenador. A pesar de la contratación del MVP de la Euroliga 2006 Dejan Milojević y del MVP de la Copa ULEB 2006 Rubén Douglas, entre otros jugadores como Albert Oliver, la incorporación del canterano Víctor Claver a la primera plantilla y la completa reestructuración de la plantilla (solo continuaron 5 jugadores del año anterior), los malos resultados continuaron al comienzo de la Liga ACB 2006-07. Un comienzo en la Liga ACB de 1-4 hizo que el club «taronja» cesara al hasta entonces entrenador Ricard Casas y contratara al griego Fotis Katsikaris para suplirle. Se ficha a Svetislav Pešić como entrenador hasta final de temporada. Para la temporada 2005-06 se cambió por completo la plantilla, quedando solo dos jugadores del año anterior, Víctor Luengo y Óscar Yebra.