Con la incorporación de Dayro Moreno, procedente del fútbol boliviano, el equipo comenzó a ascender en la tabla de posiciones, terminando clasificado en el octavo lugar tras una victoria en Pereira por 3-0. En el cuadrangular final, enfrentó a Nacional, Junior y Millonarios, terminando eliminado con seis puntos, camisetas fútbol baratas producto de victorias ante Atlético Junior y Millonarios en el Estadio Alfonso López. Quince días después de haber asumido la dirección técnica del equipo, Bolillo Gómez renunció y en su reemplazo fue nombrado el argentino Raúl Agustín Armando, quien venía con una discreta trayectoria como director técnico en la tercera división del fútbol argentino. Bucaramanga cumple con ganar 1-0 al América en el Estadio Álvaro Gómez Hurtado de Floridablanca, con gol de John Pérez de tiro libre, y sumado al empate de Santa Fe en Bogotá, el equipo daba la sorpresa clasificando milagrosamente a las finales, la cual sería la segunda clasificación desde su retorno a la primera división. A su reemplazo llega Jaime de la Pava, con quien el equipo no sale de la crisis de resultados negativos y tuvo que luchar hasta la última fecha para no descender, necesitando una victoria contra América en la ciudad de Cali para asegurar su permanencia.

Además de Expreso Rojo, goleó en el Estadio Alfonso López a Fortaleza 4-1, a Leones 3-0 y al América de Cali 4-1, mientras que de visitante lo hizo 3-0 con Deportes Quindío en el Estadio Centenario de Armenia. Gobernación de Santander decidió rendirle un homenaje el 15 de febrero siguiente en el Estadio Alfonso López coincidiendo con la primera fecha del Torneo Águila en un partido frente a Expreso Rojo. Cuatro partidos ganados, uno empatado y uno perdido, 10 goles a favor y 3 en contra fue el balance del cuadrangular final. En la Copa de la UEFA disputó once encuentros y anotó un gol en el encuentro de vuelta de los cuartos de final ante el Eintracht Fráncfort de Alemania. En cuartos de final enfrentó a Millonarios quedando eliminado con un global de 4-2, diciéndole adiós a la lucha por el título. Después del Ascenso el equipo debía jugar la Gran Final de la Primera B, esta vez ante Fortaleza, iniciando en Bogotá y terminando en Bucaramanga. En el cuadrangular final le correspondió enfrentar a Jaguares de Córdoba, Cúcuta Deportivo y Deportes Quindío pero los resultados fueron adversos y terminó en el tercer lugar del grupo con nueve puntos.

Tras la segunda doble fecha, donde en un polémico partido la Celeste vence a Perú y posteriormente a Chile, se concretó la clasificación uruguaya a la Copa del Mundo de 2022, ocupando la tercera posición. Comenzando el año 2017, se reanudaron las eliminatorias con las fechas 13 y 14 donde En la fecha 13 cayó por 1-0 contra la selección colombiana en Barranquilla, con un tanto de James Rodríguez tras un penalti fallado, le rebotó el balón y terminó por introducirla al arco quedando matemáticamente eliminado del Mundial de Rusia 2018 al quedar con 7 puntos a falta de 5 partidos y en la fecha 14 recibió a Argentina en La Paz, ganándole por 2 a 0, en un partido completamente disparejo, con goles de Juan Carlos Arce y Marcelo Moreno Martins, después visitaron el 31 de agosto a Perú en Lima, donde perdieron por 2-1 con goles de Edison Flores y Christian Cueva para los locales, y para los del Altiplano marcó Gilbert Álvarez y el día 5 de septiembre por la fecha 16 recibieron a Chile en La Paz, donde vencieron por 1-0 con gol de Juan Carlos Arce acabando el histórico récord que tenía Chile sobre Bolivia en victorias por eliminatorias en La Paz y en octubre en condición de local jugaron frente a Brasil con la que empató sin goles (0-0) y 5 días después cerró su participación de eliminatorias frente a Uruguay con derrota 4-2 quedando en la 9.ª posición con 14 unidades solamente superando a Venezuela con 12 unidades.

Historia del Real Murcia (Enrique Baeza, Juan Antonio Garre y Pedro García). Real Cartagena 3-2 en el Estadio Alfonso López. Durante esta etapa el equipo no pudo ganar de local en el Estadio Alfonso López ni en el Álvaro Gómez Hurtado, que debió ser usado durante la mayor parte del semestre debido a los trabajos de remodelación requeridos en el primero para cambiar el césped sintético por grama natural. A pesar de contar con la misma base de 2018, excepto la salida de Brayan Rovira y Michael Rangel, el equipo había perdido cuatro partidos en las primeras cinco fechas por lo que fue despedido Flabio Torres y en su reemplazo se nombró a Carlos Giraldo, exjugador y capitán del Bucaramanga. A pesar de un aceptable comienzo en el torneo, hubo gran dificultad para consolidarse y luego de una campaña de doce empates, dos partidos ganados y tres derrotas, (la primera contra Atlético Nacional en Medellín por 7-0 y las restantes de local, contra Once Caldas por 0-3 y el colero Envigado F. C. por 0-1), el director técnico José Manuel «Willy» Rodríguez fue destituido y reemplazado por Flabio Torres.