↑ «Jonathan McDonald: goleador 18º de la Liga en el fútbol tico – replicas camisetas futbol Buzón de Rodrigo». La temporada 2010/11, año del XC Aniversario del club, tras un arranque de liga inmejorable con 8 partidos invicto, el Alavés se proclamó campeón de invierno de su grupo, siendo además el equipo más goleador de toda la Segunda División B, sin embargo, la buena racha se truncó a mitad de la segunda vuelta, clasificándose finalmente en la 3.ª posición. Tras finalizar la temporada 1999/00 en 6.ª posición (la mejor de su historia), el Alavés consiguió clasificarse para la UEFA por primera vez en su historia. En honor a sus cien años de historia, el Alavés sacó más como una baraja de naipes Fournier conmemorativa con los rostros de sus jugadores más ilustres, un cupón de la ONCE con la fecha fundacional, un sello de Correos, un libro, un pack de mus o una camiseta conmemorativa con la que jugaron contra el Valladolid el 5 de febrero de 2021. Al final de la temporada se publicó un documental llamado 2000 Pasos que narra el siglo de historia del equipo con entrevistas a algunas de sus grandes leyendas. Sin embargo, y pese a no ser distinguidos individualmente, sobresalieron por encima de ellos jugadores como Ciriaco Errasti, Jacinto Quincoces, Manuel Olivares, Simón Lecue, Fernando Sañudo, Javier Berasaluce o Jorge Valdano -pasando curiosamente los siete más tarde al Real Madrid Club de Fútbol donde agrandaron sus carreras-, Antero de Audicana, Juan Señor, Desio, Cosmin Contra u Óscar Téllez entre otros.

Alemania contenía en ese entonces una nómina de lujo, en su escuadra enlistaban jugadores destacados como Jürgen Klinsmann, Lothar Matthäus, Pierre Littbarski, Andreas Brehme, Rudi Völler entre otros, además comandada por el técnico y según muchos el mejor jugador en la historia de la selección de Alemania, Franz Beckenbauer. En la historia del club han jugado numerosos futbolistas destacados del panorama nacional. El club alavés empató a uno en un trepidante final en el que en el descuento, Gameiro marcó un penalti para los colchoneros y un minuto después Manu García marcó el gol del empate. Estadio de Balaídos y, una semana más tarde, con un 1-0 en Mendizorroza en la recta final del partido tras un gol de Édgar Méndez. Finalmente, en la temporada 2008/09 el Alavés bajó a Segunda División B tras perder 2-1 contra el Celta de Vigo, ganar 1-0 contra el Alicante CF y perder 1-0 contra el Albacete. En la segunda fecha, los guaraníes viajaron a Maturín para enfrentarse a Venezuela cayendo en los últimos minutos del partido por 1-0 con gol de penal de Salomón Rondón. Alcanzó la final de la Copa de la UEFA donde cayó frente al Liverpool FC (5-4 con gol de oro en la prórroga) el 16 de mayo de 2001 en el Westfalenstadion de Dortmund (Alemania), en el que ya es considerado el mejor partido de la historia de esta competición y uno de los 20 mejores encuentros de toda la historia.

Gracias al cambio de entrenador, el Alavés consiguió salvar la categoría el 16 de mayo al ganar 4-2 al Granada en la jornada 37. De esta manera, el Alavés conseguiría estar en Primera División por sexto año consecutivo, algo que nunca había logrado en sus 100 años de historia. Una de las cosas que no se pudieron llevar a cabo fue la de jugar un partido en Mendizorroza contra el Liverpool, camiseta de futbol 2024 homenajeando la final de la Copa de la UEFA de 2001; el partido más importante de la historia del equipo. Entre los títulos del club destacan por importancia cuatro campeonatos de la Segunda División, que completa a nivel nacional de categorías inferiores no profesionales con otro de la Segunda División «B» y otro de la longeva Copa Federación. Al final de la temporada 2020-2021, se confirmó que el capitán Manu García ponía fin a su etapa como jugador en el conjunto vitoriano después de nueve años y de haber jugado en tres categorías diferentes. Cabe también mencionar al oriundo Aitor Karanka, quien pese a no debutar con el primer equipo fue formado en las categorías inferiores del club. Tras varios años intentando solucionar el tema de la deuda que el conjunto vitoriano arrastraba desde la salida de Dmitry Piterman del club en el año 2007, a principios de verano del 2015 el club salió del concurso de acreedores poniendo fin a esa etapa «negra» en el seno del club.

En cuanto a sus desempeños en la Primera División, ha participado en ella 18 temporadas, con un sexto puesto como mejor resultado en la temporada 1999-2000, y un vigésimo como peor en la edición 2021-22. Completa su trayectoria con treinta y siete años en la Segunda División -para un total de cincuenta y cinco en el fútbol profesional-, doce en la Segunda División «B» y veintidós en la Tercera División. Con Juan Arregui Garay como presidente, y tras la disputa durante cinco temporadas consecutivas de los «play off «por el ascenso a la Segunda división, lo logró en Jaén el 21 de junio de 1995, comandado por Jesús Aranguren, pese a perder 3-1. Tres años más tarde, el 3 de mayo de 1998, y tras batir el récord de puntos de la Segunda División española (82) logró el ascenso a la Primera División en Mendizorroza ante el Rayo Vallecano. Ciudad Deportiva «José Luis Compañón» (Ibaia), fue cedida por el difunto Don Juan Arregui Garay. El club fichó entonces a José María Salmerón como nuevo técnico albiazul, consiguiendo la permanencia en Segunda División en la última jornada, tras la histórica remontada contra la Real Sociedad (3-2, con el gol de Toni Moral en el min 94), y el Celta de Vigo (2-3). La permanencia en segunda permitió que el club no desapareciera, ya que el descenso a 2ªB, sería económicamente inviable para el club.